Такое грандиозное событие, как Третий Удар, не может пройти на множестве миров, находящихся в параллельных реальностях и связанных между собою общей судьбой, по одинаковому плану без существенных изменений. Чем отраженная реальность находится дальше от материнской, тем этих изменений становится больше. При удачном совпадении некоторых факторов событие положившее начало ее существованию может произойти в ней совсем не так, как в материнской реальности.

Так и случилось в реальности под номером шестьсот шестьдесят шесть. Что стало этому виной, ее обитателям понять было очень трудно. То ли нумерология, которая толковала ее номер, как очень нехорошее число, то ли удаленность от корневой материнской реальности, ответвлением, которой она являлась, то ли сочетание первого и второго. Все это было неважно. Важно было другое. Третий удар именно в этой реальности оказался "кривым", и цели, которые ставили перед собой его устроители, оказались не достигнуты, или достигнуты не полностью, что было еще хуже.

Все началось с того, что Синдзи Икари первый раз в своей жизни решил на какой-то момент проявить отвагу, наличия которой у него совсем никто не предполагал. Он вытащил своего командира из-под обстрела, и она не получила смертельного ранения. В свою очередь Мисато Кацураги помешала Командующему НЕРВ застрелить ее подругу, Рицко Акаги, которая получила легкое ранение. Несмотря на их героизм Аянами Рей так же слилась с телом Второго Ангела, и Лилит вознеслась к небесам, чтобы положить конец человеческому роду.

Пробуждение Евы-01 на этот раз произошло под контролем ее пилота, и он сохранил возможность вмешаться в ход событий, которой он сумел воспользоваться. Когда Копье Лонгиния устремилось к Земле с поверхности Луны, Ева-01 сумела перехватить его.

Серийные Евангелионы, как и было запланировано лидерами SEELE, начали отдавать свою энергию Рей-Лилит, которая послала к каждому живущему на земле своих астральных вестников, чтобы вытряхнуть их души. И именно в этот момент произошло событие, вероятность которого практически не отличалась от нуля. У одного из серийных Евангелионов очнулась матрица Табриса, заключенная в капсулу псевдопилота. Пробудившийся Ангел вместо того, чтобы проткнуть свой С2 двигатель репликой Копья Лонгиния, нанес удар своим всепробивающим оружием прямо в спину возрожденного Второго Ангела. И именно в этот момент в тело Второго Ангела воткнулся оригинал Копья, ставя окончательный крест на осуществлении Третьего удара.

В результате получения двух тяжелых попаданий Рей-Лилит провались в бездну Геофронта, из которой она и появилась. Ее тело осталось памятником этой безумной попытке уничтожить жизнь. Тайная организация погибла почти в полном составе. Из 12 представителей Комитета и бесчисленного множества сотрудников уцелело всего семеро во главе с председателем Килом Лоренцем. С население Земли Ангел Бездны, как позднее стали называть Рей-Лилит, обошелся еще круче. Уцелел только немногочисленный персонал, пребывавший внутри Геофронта. Уцелели они только потому, что пытались сопротивляться вестникам, и те не успели довести свое дело до конца из-за уничтожения Рей-Лилит.

Результат частично предотвращенного Третьего Удара не устроил ни членов SEELE, которым был нужен успех их Проекта Комплементации Человечества, ни Командующего НЕРВ Гендо Икари, который рассчитывал вернуть из небытия свою погибшую жену Юй Икари. То, что случилось, было для них нежеланным результатом. Персонал НЕРВ, уцелевший в бойне, устроенной бойцами Сил Самообороны и наемниками SEELE, был тоже не рад случившемуся, но совсем по другой причине. Они даже не подозревали, что трудятся ради уничтожения человечества.

Следствием такого расхождения мнений между этими группами стал распад единого НЕРВ на две противоборствующие фракции, каждая из которых преследовала свои цели. Началась подготовка к Четвертому Удару.