Очень экологически гибкий вид, африканская пеломедуза водится почти в любом водоёме, от мелких прудов и луж до мест водопоя скота и больших болот и озёр. Хотя она проходит большие расстояния в поисках новых прудов, она обычно ведёт очень водный образ жизни, когда она осядет, греясь плавая на поверхности воды или выползая на илистые отмели в нескольких см от воды. Во время засухи, она закапывается в грязь и впадает в спячку до следующих дождей. Спаривание происходит в воде, и самка откладывает свои яйца в нору, которую она выкапывает в грязи около воды. Панцири новорождённых черепашат - около 3 см в длину и они более круглые, чем у взрослых.
При угрозе, африканская пеломедуза ныряет на дно и закапывается в грязь. Если её поймать, она кусается и выпускает вонючую жидкость из специализированных мускусных желез. У этого вида - большой аппетит и он ест самую разную добычу, а также падаль.